La structure adoptée pour l'Observatoire est constituée de cinq cellules distinctes : la cellule de coordination (DEMNA), la cellule d'observation (DNF), la cellule administrative et légale (AFSCA, DNF), la cellule de veille et de liaison scientifique (ULB, CRAw, UCL, ULg). Cette structure illustre combien l'Observatoire wallon de la santé des forêts est une plate-forme multi-acteurs qui regroupe les expertises et les atouts de nombreux partenaires.
L'OWSF s'appuie donc sur un réseau de correspondants-observateurs du DNF et du DEMNA et sur l 'expertise de chercheurs tant en Belgique qu'à l 'étranger.
Les correspondants-observateurs sont des agents du Service public de Wallonie qui travaillent soit au sein des Services extérieurs du DNF, soit à l'Inventaire permanent des ressources forestières, soit à la Direction du Milieu forestier du DEMNA. Chaque direction des services extérieurs du DNF a désigné deux agents forestiers qui ont en charge la surveillance des problèmes phytosanitaires. Leur mission est d'être attentif à tout signe de dépérissement. Ils ont également un rôle de relais auprès de leurs collègues au sein de leur Direction. Les agents en charge des mesures sur les placettes de l'IPRFW sont également amenés à signaler tout nouveau problème. Les agents du DEMNA viennent en renfort, soit pour l'identification des symptômes et la récolte des échantillons, soit en cas de phase aiguë de pullulation par exemple.
Les correspondants-observateurs sont donc en charge du diagnostic des principaux symptômes par l'application de protocoles d'observations. Ils récoltent et conditionnent des échantillons qui seront transmis aux organismes de recherches par le biais du DEMNA. Les correspondants-observateurs ont aussi dans leurs missions de faire connaître au sein de leur Direction les stratégies à mettre en œuvre pour la lutte sanitaire considérée et la gestion des peuplements touchés par le pathogène.